به گزارش مجله خبری نگار،محمدرضا شجریان ابتدا در سال ۱۳۴۰ وقتی ۲۱ ساله بود با فرخنده گل افشان ازدواج کرد که حاصل آن سه دختر و یک پسر بنام همایون بود. گل افشان هم مثل شجریان معلم دبستان بود و هر دوی آنها در شهر قوچان تدریس میکردند و در همین شهر عقد کردند. این زندگی بعد از سی سال به طلاق و جدایی ختم شد. در سال ۱۳۴۲ فرزند اول محمدرضا شجریان (راحله) متولد شد.
در سال ۱۳۴۴ دختر دوم محمدرضا شجریان (افسانه) در مشهد به دنیا آمد که بعدها به همسری پرویز مشکاتیان در میآید. دختر سوم محمدرضا شجریان مژگان در ۲۷ اردیبهشت ۱۳۴۸ در تهران متولد شد و در سال ۱۳۵۴ همایون متولد شد. محمدرضا شجریان در سال ۱۳۷۰ در ۵۳ سالگی با دختر ۲۶ ساله بنام کتایون خوانساری ازدواج کرد و در سال ۷۶ فرزند دیگر شجریان به نام رایان از همسر دوم متولد میشود. استاد شجریان با همسر دومش ۲۷ سال اختلاف سنی داشت. ولی عشق میان این زوج تا واپسین روزهای حیات استاد شجریان همچنان پابرجا بود.