طراحی نرم‌افزار بیوانفورماتیکی EasyModel برای مدل سازی پروتئین

به گزارش مجله خبری نگار، به نقل از اداره کل روابط عمومی وزارت علوم، امروزه شرح عملکرد یک توالی پروتئینی یکی از رایج‌ترین مشکلات در زیست شناسی است. معمولا این مسئله را می‌توان با مطالعه ساختار سه بعدی پروتئین‌ها آسان کرد. در غیاب ساختار پروتئین‌ها، مدل‌سازی مقایسه‌ای اغلب یک مدل سه بعدی مفید برای پروتئین ارائه می‌دهد که وابسته به حداقل یک ساختار پروتئینی شناخته شده است.

مدل سازی مقایسه ای، ساختار سه بعدی یک توالی پروتئینی معین را عمدتا ً بر اساس همسانی توالی آن با توالی یک یا چند پروتئین با ساختار شناخته شده پیش بینی می‌کند.
بسیاری از برنامه‌های کامپیوتری و سرور‌های تحت وب وجود دارند که فرآیند مدل سازی مقایسه‌ای را به صورت خودکار انجام می‌دهند. یکی از مهمترین مزایای این سرور‌ها این است که مدل سازی مقایسه‌ای را هم برای متخصصان و هم برای افراد غیرمتخصص در دسترس قرار می‌دهد و آن‌ها به راحتی بدون نیاز به دانش برنامه نویسی می‌توانند مدل سازی خود را انجام دهند، اما برخی از متخصصان دیگر ترجیح می‌دهند با استفاده از دانش برنامه نویسی و به صورت دستی مدل سازی خود را انجام دهند، زیرا با این عمل می‌توانند دقت مدل سازی خود را به حداکثر برسانند.

در این مطالعه که در قالب پایان نامه کارشناسی ارشد علیرضا دانتیسم در رشته بیوانفورماتیک انجام شد، برای پیش بینی ساختار سوم پروتئین‌ها، ابزار تحت وبی با استفاده از زبان‌های برنامه نویسی PHP و Python طراحی شد. این ابزار EasyModel نام دارد.
EasyModel می‌تواند با توجه به ورودی‌های کاربر که می‌تواند توالی ناشناخته، توالی شناخته شده پروتئین، زنجیره جانبی و بسیاری از تنظیمات دیگر را دریافت کند و ساختار سوم آن توالی ناشناخته را پیش بینی کند و نتایج را در قالب نمودار، log فایل‌ها، هم ترازی‌ها و فایل‌های پروتئینی ساخته شده ارائه دهد.
گفتنی است این پژوهش با راهنمایی سید شهریار عرب مدیر گروه بیو فیزیک دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس انجام شد.